Подрядчик ушёл: ключи, учётки и образы, на которых стоит весь сервер
Ключ бывшего подрядчика нашёлся в чужом authorized_keys, его учётку лучше заблокировать, чем удалить, а группа docker — это тот же root. И самое неочевидное: образы всех сайтов скачивались из его личного реестра — удалит или перезальёт, и последствия будут у вас.